適格請求書等保存方式（以下、「インボイス制度」とします）においては、事業者が行う事業の性質上、適格請求書等（以下「インボイス」とします）の交付が困難な取引も存在することから、一定の取引についてインボイスの交付義務を免除しています（※1）。卸売市場を通じて販売される生鮮食料品は、出荷者を特定することなく取引されることから、買い手は出荷者を把握することができません。したがって、インボイス制度では、卸売市場法に規定する卸売市場（以下、「卸売市場」とします）において行う生鮮食料品等の販売については、売り手（出荷者）のインボイスの交付義務を免除しています。この場合、買い手は卸売市場が発行する一定の書類を保存すること等により、仕入税額控除ができるものとされます（以下、「卸売市場特例」とします）（※2）。したがって、卸売市場における生鮮食料品の買い手は、出荷者がインボイスを発行できない免税事業者であったとしても、卸売市場が発行する一定の書類を保存すること等により、仕入税額控除をすることができます。このように、インボイス制度の下でも、卸売市場を通じた取引においては、免税事業者の出荷者に取引上の不利益が生じることはありません。
他方、子牛の市場販売など、家畜取引法に規定する家畜市場における家畜の取引は、卸売市場特例の対象とされていないことから、売り手（出荷者）のインボイスの交付義務は免除されません（※3）。したがって、家畜市場における家畜の買い手は、出荷者のインボイスの保存が無ければ仕入税額控除ができません。このことから、インボイス制度の下では、家畜市場を通じた取引について、免税事業者の出荷者に取引上の不利益が生じることも想定されることから、注意が必要となります。
（※1）消法57の4① （※2）消令70の9②二イ（※3）家畜市場の取引は、買い手が出荷者を特定できる事が理由と考えます。
